Universitetin ali idarəetmə orqanı Elmi Şuradır. Sədrliyi rektor Şahin Bayramov tərəfindən həyata keçirilən Elmi Şuraya prorektorlar və fakültə dekanları, habelə universitetin nizamnaməsinə və Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilmiş qaydalara uyğun olaraq təyin olunan digər üzvlər daxildirlər.
Samir Babayev
Tibb və Sağlamlıq Elmləri Fakültəsinin dekanı, Qarabağ Universitetinin Klinikasının Baş direktoru
Elçin İbrahimov
Elm şöbəsinin müdiri, Elmi Şuranın katibi
Elnur Babayev
Həmkarlar təşkilatının sədri
İlham İlyasov
İnzibati şöbənin müdiri
İlyas Səfərli
Tələbə Gənclər Təşkilatının sədri
Leyla Əliyeva
Tədris şöbəsinin müdiri
Şahin Muradov
Maliyyə şöbəsinin müdiri