Elmar Mustafayev ali təhsil müəssisələrində tədris, fakültə idarəçiliyi və ali təhsil üzrə dövlət tənzimləyici qurumda fəaliyyət sahələrində geniş peşəkar təcrübəyə malikdir. O, həmçinin İtaliya Siyasi Elmlər Assosiasiyasının (SISP) Rusiya və postsovet məkanı üzrə Daimi Qrupunun üzvüdür və Horizon Europe proqramı üzrə Milli Əlaqələndirici Şəxs kimi fəaliyyət göstərir.

O, bakalavr təhsilini Qafqaz Universitetində almış, magistr dərəcəsini isə “Azərbaycan gənclərinin xaricdə təhsili üzrə Dövlət Proqramı” çərçivəsində Sapienza Università di Roma-da beynəlxalq münasibətlər ixtisası üzrə əldə etmişdir. Daha sonra həmin universitetdə Beynəlxalq münasibətlər tarixi üzrə fəlsəfə doktoru dərəcəsini tamamlamışdır.

Təhsili müddətində o, Azərbaycanın Romadakı səfirliyində və Brüsseldə Avropa Parlamentində təcrübə keçmişdir. Eyni zamanda Romada yerləşən Geosiyasi Araşdırmalar Mərkəzində (Centro Studi Geopolitica) tədqiqatçı kimi çalışmış və Cənubi Qafqazın geosiyasətini və münaqişələrini təhlil edən “Le Guerre del Caucaso Meridionale” kitabına töhfə vermişdir.

• Beynəlxalq münasibətlər tarixi üzrə fəlsəfə doktoru, Sapienza Roma Universiteti (2015-2019);
• Beynəlxalq münasibətlər üzrə magistr, Sapienza Roma Universiteti (2013-2015);
• Tərcümə və interpretasiya üzrə bakalavr, Qafqaz Universiteti (2006-2011)

• Jean Monnet layihəsi qrantının qalibi;
• Xaricdə təhsil üzrə Dövlət Təqaüd Proqramının qalibi

Onun tədqiqatları Cənubi Qafqazın geosiyasəti, münaqişələrin həlli və sülh quruculuğu, Avropa İttifaqı və avropalaşma tədqiqatları, eləcə də ali təhsil siyasəti və idarəçiliyi sahələrini əhatə edir. O, bir sıra elmi və analitik işlərin müəllifi və həmmüəllifi olmuşdur ki, bunlara Insight Turkey jurnalında dərc olunmuş “EU Values and Interests in the Resolution of Nagorno-Karabakh Conflict: French Unilateralism”, Al Jazeera ilə “What has sparked the latest tensions in Nagorno-Karabakh?” adlı müsahibə (2023), Gabriele Natalizia-nın redaktə etdiyi “Il Caucaso Meridionale: Processi politici e attori di un’area strategica” kitabında yer alan “Le guerre del Caucaso meridionale” adlı fəsil, müxtəlif jurnal seriyalarında dərc olunmuş “Europeanization and Conflict Resolution: The role of EU in resolution of conflicts via the mechanisms of Europeanization”, “Changing Theoretical Perspectives on Europeanization”, “Diffusion of Europeanization by exporting the EU Regionalism Model” və “Nagorno-Karabakh: Forgotten, Not Frozen” adlı məqalələr daxildir.